Die vier Schneidezähne sind scharf und meißelartig und dienen der Abtrennung der Nahrung. Sie wachsen ständig nach und müssen permanent abgenutzt werden,. Die Schneidezähne sind der Beginn des Verdauungstrakts und ihre Gesunderhaltung durch richtige Fütterung ein wichtiges Anliegen. Weiter hinten im Maul findet man die Backenzähne. Sie zermalmen und zermahlen die Nahrungsstücke. Zwischen den Backenzähnen wird das Futter auch gut eingespeichelt und damit gleitfähig gemacht. Erste Enzyme (Fermente, Bio-Katalysatoren) aus dem Speichel beginnen die Vorverdauung.
Aus dem Maul gelangt die gut durchgekaute Kost in die Speiseröhre, diese ist ein reines Transportorgan, welches das Maul mit dem Magen verbindet.
Im Magen beginnt die Verdauungsvorbereitung. Das Futter wird dort mit Salzsäure kräftig angesäuert, eiweißspaltende Enzyme beginnen mit der Proteinverwertung und Magenhormone werden ausgeschüttet. Der Magen des Kaninchens hat im Gegensatz zu dem der meisten Säugetieren kaum Muskeln. Deshalb ist er zu aktivem Nahrungstransport nicht befähigt. Als so genannter Stopfmagen gibt er seinen eingeweichten und sauren Inhalt nur dann an den Dünndarm weiter, wenn von oben durch Maul und Speiseröhre etwas nachgeschoben wird, deshalb sind Kaninchen "Dauerfresser". Die Kaninchen nehmen ca. 80, teilweise sogar bis 120 mal am Tag kleinste Mahlzeiten zu sich. Aus diesem Grund sollte immer Qualitativ hochwertiges Heu zur Verfügung stehen, welches für die freie Aufnahme nach Wahl für den Stopfmagen einfach notwendig ist.
Vom Magen gelangt der Nahrungsbrei in den vorderen Dünndarm.
Im vorderen Dünndarm wird der Nahrungsbrei nun mit reichlich Gewebswasser und Enzymen angereichert, um in dünnflüssiger Phase die weiteren Verdauungsschritte ablaufen zu lassen.
In den Dünndarm münden die Ausfuhrgänge von der Bauchspeicheldrüse und der Leber. Die Bauchspeicheldrüse reguliert den Blutzuckergehalt und spendet sowohl fettspaltende und kohlenhydratspaltende Fermente. Die Leber ist sie für die zentrale "Entgiftung" zuständig , kann aber auch kurzfristig Blutzucker-Überschüsse (in Form von Glykogen) speichern.
Dann beginnt der hintere Dünndarm, in dem dann die Hauptarbeit der Verdauung abläuft. Der hintere Dünndarm ist die Region der Übergabe aller bis hierher verdauten Nährstoffe und Wirkstoffe an den Organismus. Die Übergabe der Zerlegungsprodukte aus der Kost an den Blutkreislauf erfolgt in den Darmzotten (Die Darmwand ist mit Millionen winziger, fingerähnlicher Ausstülpungen besetzt, den Zotten. Sie enthalten Blutgefäße, die die Nährstoffe aufnehmen.). Im Futterbrei findet man ab hier fast nur noch so genannte Rohfaser, also pflanzliche Zellwandbestandteile aus der Nahrung.
Im Einmündungsbereich des Dünndarms in den Dickdarm zweigt der Blinddarm ab. Er heißt so, weil er gleich einer Sackgasse "blind" endet. Der Blinddarm ist eine große Gärkammer, welche von einer Unmenge an spezialisierten Bakterien besiedelt wird. Den rohfaserreichen und ballaststoffreichen Pflanzenteilen muss hier die Restenergie gezogen werden und Bausteine der Pflanzenzellwand (besonders Traubenzucker aus Zellulose) werden gewonnen. Am Ende dieses Prozesses steht die Bildung des Blinddarmkotes. Dies ist eine eigene, weiche Kotform, die sich vom trockenen "Abfallkot" des Enddarmes deutlich unterscheidet. Eine schützende Schleimhülle sorgt dafür, dass dieses Spezialmaterial rasch und ohne weiteren Angriff im Dickdarm direkt zum After geleitet wird. Dort frisst ihn das Kaninchen meist direkt weg, um nochmals eine Passage durch den gesamten Magen Darm-Kanal zu erzielen. So werden die Vitamine (überwiegend des B-Komplexes) gewonnen, aber auch wertvolles Bakterieneiweiß und viele andere Wirkstoffe. Manchmal kann man in der Einstreu die dunklen, weichen, glänzenden und wie Perlen aufgereihten unregelmäßigen Bällchen des Blinddarmkotes entdecken.
Der Dickdarm hinter dem Übergangsbereich des Dünndarm / Blinddarm hat im Wesentlichen die Aufgabe der Wasserrückgewinnung aus dem nun schon weitgehend verdauten, aber noch recht dünnflüssigen Nahrungsbrei. Es leben dort auch noch Bakterien, die wie ihre Verwandten im Blinddarm zu speziellen Gärungen und ähnlichen Stoffwechselprozessen fähig sind. Diese Bakterien stellen der Darmwand kurzkettige Fettsäuren aus den Futterresten zur Verfügung.
Danach wird im hinteren Abschnitt des Dickdarms der Kot vorgeformt und im Enddarm wird dem Kot dabei möglichst viel Restfeuchtigkeit entzogen, so das die trockenen Kotbällchen entstehen.
Der After ist dann die Austrittsöffnung für den Kot und der Afterringmuskel beendet den Verdauungstrakt.
Die festen Exkremente (Kotbällchen) enthalten Abfallstoffe und alle unverdauten Nahrungsreste sowie eventuelle zeitweilige Nährstoffüberschüsse, die nicht flüssig über die Nieren als Harn ausgeschieden werden.
